طلبة الطب
يتعاون مستشفى المقاصد مع كلية الطب في جامعة القدس، وهو يشكل المؤسسة التدريبية الرئيسة لطلبة السنة الخامسة والسادسة في الكلية.
برنامج الإقامة
مستشفى المقاصد هو الوحيد المعترف به لتدريب خريجي الطب في 7 تخصصات طبية من قبل المجلس الطبي الفلسطيني والأردني، وهذه التخصصات هي: الطب الباطني، طب الأطفال، النسائية والتوليد، التخدير، جراحة العظام، الأشعة، والجراحة العامة.
بعد السنة التحضيرية يمضي الأطباء المقيمون 4 سنوات في القسم، ويقدمون امتحان المجلس.
يكلف هذا البرنامج المستشفى سنويا 2 مليون دولار.
تدريب إضافي
يوفر المستشفى المرافق لتدريب طلبة الماجستير في الكيمياء الحيوية والأحياء الجزيئية بجامعة القدس، وكذلك لطلبة التقنيات المخبرية وطلبة العلاج النفسي والسكرتاريا الطبية، والدورات القصيرة للأهداف الخاصة.
تنشط العديد من أقسام المستشفى في مجال البحث العلمي، فقسم الأطفال والطب الباطني يشاركان في العديد من التجارب الطبية المحلية والعالمية التي تحصل على موافقة المجلس الأخلاقي للمستشفى.
وكذلك يقدم قسم الوراثة ودراسة الامراض منحا في مجال البحث العلمي وخاصة في مجال تشخيص أمراض السرطان.