يعمل قسم الاطفال في مستشفى المقاصد كمركزمتعدد للخدمات الطبية من اجل تشخيص وعلاج الامراض المزمنة والحادة. 

تم تاسيس قسم الاطفال قي السبعينيات من القرن الماضي كجناح صغير قي المستشفى اذ احتوى على عدد قليل من الاسرة ونشاطه الرئيسي ارتكز على علاج الاطفال الذين تم ادخالهم الى المستشقى ومصابين بامراض معدية ومزمنة مثل فقر الدم والتهاب السحايا او امراض التهاب الامعاء والمعدة. 

وعبر السنوات كان هناك توسع ونمو ثابت ومستمر للقسم لتلبية الحاجات المتزايدة للمجتمع القلسطيني ، وهذا تضمن توسيع الخدمات في الجناح العام للاطفال ، افتتاح وحدة الاطفال الخدج وكذلك رفع درجة الخدمة في وحدة العناية المكثفة للاطفال وفي وحدة العناية المكثفة لمرضى القلب من الاطفال وفي العيادات الخارجية التابعة لقسم الاطفال.

وبشكل متوازي مع هذه التطورات ، فقد تم استحداث تخصصات فرعية في  قسم الاطفال يحتاجها الاطفال الفلسطينون بشكل كبير وهي غير متوفرة في اماكن اخرى في فلسطين.

يعتبر توفر الفحوصات التشخيصية ووسائل العلاجية  من الافضل في العالم. يعمل الموظفين في القسم  مع الاطباء المقيمين  وطاقم التمريض  بانسجام تام مع باقي التخصصات في المستشفى مثل جراحة الاطفال والعظام وجراحة القلب والصدر والمسالك وجراحة الاعصاب.

ومن اللافت للنظر ان اسلوب تعدد الخدمات الطبية المقدم للمرضى من قبل الاطباء ، يقدم ايضا من طواقم التمريض في المستشفى 

يعمل في قسم الاطفال الان اطباء اطفال اختصاصيون بالاضافة الى اطباء اختصاصيون في التخصصات الفرعية التالية: 

1- طبابة الاطفال جديثي الولادة.
2- قلب الاطفال.
3-الغدة الدرقية عند الاطفال.
4- اعصاب الاطفال.
5-امراض الايض عند الاطفال خدمات سريرية ومخبرية.
6- الامراض الوراثية عند الاطفال خدمات سريرية ومخبرية ايضا.

سيتم في القريب العاجل تقديم خدمات جديدة لقسم الاطفال مثل امراض رئتي الاطفال وكذلك الامراض الباطنية عندهم.ويوجد الان طبيبان فلسطينيان يتخصصان بهذه التخصصات في الولايات المتحدة الامريكية. يعمل في قسم الاطفال ايضا طاقم تمريضي متعدد ومؤهل. ويتميز قسم الاطفال بالعلاقة الدافئة التي تربط الموظفين مع بعضهم البعض من جهة ومع المرضى وذويهم من جهة اخرى. 

النشاطات التعليمية والتدريبية للقسم: 

يدير قسم الاطفال برنامجا تعليميا للاطباء المقيمين اللذين يتخصصون في قسم الاطفال. وهذا البرنامج يمتد الى اربع سنوات ومعترف به من قبل مجلسي الطب الاردني والفلسطني. لقد تم تاسيسه في عام 1988 ويتم تخريج طبيبان الى ثلاثة اطباء سنويا اللذين يستطيعون اجتياز الامتحانات بكل يسر وسهولة.بالاضافة الى ذالك ، فان قسم الاطفال في المستشفى مرتبط ومنتظم في العمل مع كلية الطب في جامعة القدس بحيث يعمل الاطباء الاختصاصيون كمحاضرين في الجامعة .

يحتوي قسم الاطفال على الوحدات التالية: 
1- جناح قسم الاطفال.
2- وحدة حديثي الولادة.
3- وحدة العناية المكثفة .
4- وحدة العناية المكثفة لمرضى القلب عند الاطفال.
5- العيادات الخارجية.
6- وحدة العلاج الوظيفي والعصبي.
7-مختبر علم الوراثة الخلوي.
8- مختبر الوراثة الجزيئية.
9- مختبر سلوى الدجني للايض.

يرأس قسم الأطفال الدكتور بسام ابو لبدة 

يعمل في القسم الاطباء التالية اسمائهم كل حسب اختصاصه ومكان عمله:
1- الدكتور حاتم خماش رئيس قسم الاطفال الخدج .
2- الدكتور محمود النشاشبي رئيس قسم قلب الاطفال .
3-الدكتور سمير خليل رئيس قسم اعصاب الاطفال.
4-الدكتور عماد دويكات مسؤول مختبر سلوى الدجني للايض.
5-الدكتور صدقي حمادة – قسم الاطفال الخدج 
6-الدكتور عبدالسلام ابولبدة – يعمل في وحدة الغدة النخامية عند الاطفال.
7-الدكتور سهيل عايش مدير مختبر الوراثة الجزيئة.
8- الدكتور شاهر الشويكي– قسم الاطفال العام.
9-الدكتورة سارة ابو رميلة – قسم الاطفال العام.
10- الدكتور علاء السيد – قسم الاطفال العام.
11- الدكتور عبداللطيف الخطيب – قسم الاطفال الخدج.