تم تأسيس هذا القسم بشكل مستقل في عام 1984، ويقدم خدمات التعقيم لكافة أقسام المستشفى وقد تم تحديثه في العام 2006، حيث يقدم خدمات إضافية لمستشفيات القدس.
يعتمد القسم على أكثر من مجال في التعقيم بحيث أنه يتميز بوجودة أجهزة تعقيم بالغاز وهي خدمة غير متوفرة في أغلب المستشفيات. ويعمل في القسم ممرضين ذوي خبرة عالية.
يسعى القسم إلى تطوير الخدمة وإدخال نظم جديدة من التعقيم الحديث في العالم بشكل مستمر، كما يتطلع القسم إلى إيجاد برامج تطويرية للوظفين،بحيث يتم تأهيلهم بشكل علمي أفضل. كما يركز القسم في خطته الحالية على تسويق خدممة التعقيم لمستشفيات القدس ليصبح قسم تعقيم مركزي مستقل.